毛细管柱的安装常为人们所忽视，往往会出现作填充色谱柱多年的技术人员，刚使用毛细管柱时，做出的色谱图还不如填充柱的色谱图，这使人们很难理解。但究其原因，多数是由于毛细管柱的安装和操作上的毛病，而不是柱子本身和仪器系统的问题。因此，一根好的毛细管柱和设计得很好的色谱系统，还必须使柱子在系统中安装得合理，才能做出好的结果。
一. 毛细管柱正确安装的作用：
对于分流进样，毛细管柱的入口端一定要伸过分流进样器的分流出口，亦就是使毛细管柱的入口处于载气的高流速区域。如果毛细管柱的入口在分流进样器的分流出口以下，处于载气的低流速区域，得到的色谱图还不如填充柱，所以必须将毛细管的入口伸过分流进样器的分流出口，这样才会得到尖锐的峰形。
对于分流/不分流进样，毛细管的入口应接到进样器的底部，这样可以使汽化管中的样品*进入柱子，也不会出现气流清洗不到的“死区”。
二.毛细管连接检测器之前先检漏：
在毛细管连接到检测器之前，先接通载气，看一下柱子的出口是否有载气通过，（将柱子出口浸入清水中看是否有气泡出现）如果没有载气从柱子出来，说明柱前的系统中有的地方漏气或柱子堵塞，应找出原因加以解决。然后将柱子的未端尽可能的伸到检测器（fid）的喷嘴以下的1-2厘米处（但不能超过喷嘴 ，并使柱子的出口处于气流的zui高流速区域（即氢气引入口以上），如果柱子不能直接伸到检测器的喷嘴下1-2厘米处，但必须伸到尾吹气入口的上部使柱子的未端处于气流的高速区域。
三. 合理选择分流比：
分流比可以定义：样品*汽化时与载气充分混合后，样品通过分流进样器进入柱子的流量fc与通过分流器的流量f分流之比：
　 分流比= fc/f分流（式1）
有的人把分流比定义为：样品进入汽化室后，进样器中总的流速=fc十f 分流与柱流速fc之比：
　 分流比=fc/（fc +f分流）（式2）
例如，柱子出口流速为1ml/分，分流器放空的流速为99ml／分，则分流比为100:1 ，因为柱流速fc比分流流速小得多，所以(式1)、（式2）的结果很相近，fc和f 分流可通过皂沫流量计测量。如果载气通过毛细管柱的流量很小，用皂沫流量计不容易测量，fc也可以通过计算求出：
fc= 60uπr2
其中u为载气的平均线速度，单位厘米／秒。u可以通过进样后用某物质的保留时间求得，某物质可以用甲烷、甲醇等均可，要求是色谱柱对该物质的吸附要小，一般以甲烷为宜，具体计算方法为：
u=柱长（厘米）/保留时间（秒）
分流比及分流有大小靠分流阀进行调节，选择适当的分流比也很重要。如果分流比很小，样品大多数进入柱子、容易使峰变宽，形成前伸峰。分流比一般选择在1:100~200之间，这时样品的起始组分的谱带扩展很小，出峰尖锐。对一根0.25mm内径的毛细管柱，用n2作载气，*流速0.3-0.4ml/分，则分流流量调到50ml/分左右即可。在毛细管分流进样系统中一般以柱头压力来恒量柱流量的大小，下表给出一些常用的毛细管柱在标准线速度的情况下的柱头压力：
上表所使用的载气为氮气，线速度为20cm/秒。或氢气，线速度为40cm/秒。
四. 合理使用尾吹气的作用：
毛细管色谱分析用fid检测器时，一定要加尾吹气，一般用空气或n2气。加尾吹气的作用之一是减少柱后死体积对色谱峰造成的扩散，之二是保证fid有合适的氮氢比。fid系质量型检测器，适当地增加尾吹气可提高检测的灵敏度，但尾吹气太高，会引起基线不稳以至灭火，尾吹气流速对峰高的影响：尾吹气太低，会引起色谱峰拖尾、对毛细管柱效损失大大。尾吹气流量一般在20-30ml比较适合，可用皂沫流量计来测量。
五. 毛细管柱老化时应注意的事项：
涂渍好的毛细管柱首先要经过充分的老化，以除去固定液中的低分子量物质，一般商品毛细管柱，在制造出厂前都已经过充分老化；但柱子一经从仪器上拆卸下来，较长时间接触空气，在下一次使用之前，以较低的初始温度程序升温至zui高使用温度老化2—3次。各种固定液因其性质和生产厂家不同而zui高使用温度有所不同，所以要注意毛细管柱的说明，生产毛细管柱的厂家应注明zui高使用温度。老化中应注意载气的流速不易过大，否则会破坏均匀的液膜。一般非极性柱在250℃以下老化使用，可用普通氮气，在250℃以上高温使用时，必须使用高纯氮气或普通氮气经脱氧后使用，以延长柱子的使用寿命。对极性柱，尤其是peg类（聚乙二醇）、ffap、含氰基的固定液（ov225、•ov275），一定要用高纯氮气（高纯氮气经过脱氧，）99.99%，否则，固定液很快被氧化，以致不能使用。
六. 交联毛细管柱的清洗方法与注意事项：
交联毛细管柱重要的优点是当柱被可溶性有机重组分污时，可以用溶剂清洗除去污染物，使柱得以再生，根据污染的性质，可适用非极性溶剂（如正戊烷）或极性浴剂（如二氯甲烷、丙酮、苯等）。清洗方法：将溶剂装入小瓶的2/3处，把毛细管的出口端（接检测器的一端）刺过*的橡皮盖插入溶剂底部。（青霉橡皮盖较硬，不易被弹性石英毛细管刺透，可用一金属丝或注射针预先刺透，在留的痕迹处插入石英毛细管）。接着用25ml或50ml的注射针，向小瓶内压入空气，溶液即会压入柱内，直全部溶剂从柱中流出，（如果是20米以上的大口径毛细管柱，再加一次溶剂清洗) 随后，将柱从小瓶中拉出与仪器的进样连接，用载气将柱中的溶剂吹干后，再把柱的另一端与检测连接。用程序升温的方式老化l～2次，即可使用。
清洗过程应注意：
①溶剂必须用分析纯试剂；
②溶剂在柱浸泡时间不能过长，以防止固定液液膜溶涨，使柱效下降。
七. 毛细管色谱分析中常见故障及排除：
1. 进样不出峰，主要原因有以下几个方面：
1.漏气：进样隔垫、柱子两端的接头以及放空针形阀前的连接处漏气。
2.火焰熄灭：调节氢气或尾吹气流量的大小，看记录笔是否向一边偏移，如笔不
动，说明火熄了或火没点着。
3.电路不正常：离子线、放大器、记录仪连线接错或接触不好，放大器有问题。
4.系统堵塞：在上述情况均正常时应怀疑系统堵塞，样品没有进到检测器，先检
查柱后是否有气流通过，如果没有气流通过，可能柱子堵塞，从柱后折断1-2厘
米，仍不通气，再检查柱前是否堵塞，在确认柱子通气的情况下，检查柱子到检测
器的连接管路是否堵塞。
5.尾吹气没加上：调节尾吹流量，如果记录笔不动（在保证火点着和仪器正常情
况下），应怀疑流量不够。关掉氢气和空气，喷嘴口若没有气流，证明是气路堵塞
或尾吹管路堵塞。灵敏度太低；可能高压没加上，绝缘不好等仪器本身的问题，也
有操作上的原因，高阻太低，衰减太大，记录仪满刻度毫伏数太大等。毛细管色谱
常用10 -10 欧姆的高阻，衰减尽可能小，记录仪满刻度1毫伏（噪音可允许的情况
下）。如果记录仪满刻度只有5毫伏或10毫伏，衰减可相应小一些或高阻高一挡。
6.另外，柱子从中间断开。样品浓度太低、放空流量太大。注射针堵塞等原因
都可能造成不出峰。
2.色谱峰拖尾
拖尾峰引起的原因比较复杂，毛细管柱和仪器系统都可能引起拖尾。柱子两端安装不正确，没有超过分流点和尾吹点；或者是安装好后又在接头处断裂；柱外死体积较大；尾吹气流量小，样品在柱内或者系统内壁非线性吸附；汽化室污染，此时应检查柱子的连接是否正确，有无断裂，尾吹气流量是否合适，强极性组份在金属、载体、固定液和载气以及固定液和玻璃界面上都会发生吸附作用，这些表面吸附作用可以通过表面纯化来解决。是将系统全玻璃化，并使用石英毛细管柱，或将样品适当地转化。
前伸峰是由于进样量太大，柱子超负荷，进样器或柱温太低引起的、只要提高仪器的灵敏度，减小进样量，提高进样器温度或柱温，就能或少解决色谱峰的前伸问题。